Football Club d'Annecy được thành lập vào tháng 5 năm 1927. Chủ tịch đầu tiên của câu lạc bộ là Louis Monnet, người đã giữ cương vị cho đến năm 1933 khi ông được thay thế bởi Jean Chatenoud. Câu lạc bộ đã chuyển sang chuyên nghiệp vào năm 1942 sau khi chiến thắng Lyonnais Division Honneur, nhưng bị buộc phải trở lại trạng thái cũ là nghiệp dư một năm sau đó khi các câu lạc bộ bóng đá chuyên nghiệp bị đặt ngoài vòng pháp luật. Với tư cách là đội nghiệp dư, Annecy đã giành được giải đấu hai lần nữa vào năm 1946-47 và 1947-48, trước khi gia nhập giải nghiệp dư Championnat de France trong đội hình của mình cho mùa giải 1948-49. Chiến thắng Coupe de Lyonnais vào năm 1953-54 bằng cách đứng đầu khu vực phía đông nam của Championnat một năm sau đó. Đội đã lấy lại được Coupe de Lyonnais vào năm 1958-59 và kết thúc mùa giải 1959-60 với tư cách là nhà vô địch nghiệp dư của Pháp. Chatenoud cuối cùng đã từ chức năm 1970, sau 37 năm làm chủ tịch. Championnat đã bị giải thể sau mùa giải 1970-71 và Annecy sau đó được đưa vào Giải hạng 3 Sud-Est.[2]

Trong mùa giải đầu tiên của họ ở giải đấu mới, Annecy gần như được thăng hạng, nhưng đã thua một trận play-off trước FC Martigues. Đội đã thi đấu trong giải đấu cho đến năm 1973-74, khi Annword bị xuống hạng trở lại Division Lyonnais Honneur. Đội đã hồi sinh trong những năm đầu thập niên 1980, thăng hạng lên giải hạng tư vào mùa giải 1980-81 trước khi giành chức vô địch năm 1983. Một lần thăng hạng khác vào năm 1987-88 đã chứng kiến câu lạc bộ ở giải hạng hai cho 1988-89, và thúc đẩy sự thay đổi trở lại chuyên nghiệp. Mùa giải hay nhất của Annecy là vào năm 1990- 91, khi đội kết thúc thứ chín trong giải đấu và lọt vào vòng 16 của Coupe de France. Tuy nhiên, khi xuống hạng năm 1992-93, Annecy đã giảm nhanh như khi họ nổi lên - câu lạc bộ đã bỏ cuộc vào ngày 16 tháng 10 năm 1993, và do đó đã từ bỏ vị thế chuyên nghiệp cùng với vị trí của nó ở giải hạng ba.[2]

Câu lạc bộ bóng đá Annecy được thành lập cùng ngày với sự sụp đổ của FC Annecy, tham dự giải đấu hạng năm dưới mức của đội bóng cũ trong Rhône-Alpes Promotion Honneur Régional. Câu lạc bộ mới đã được thăng hạng trong mùa thứ hai, và lặp lại kỳ tích này hai năm sau đó. Sau chín năm ở cấp độ thứ sáu, Rhône-Alpes Honneur Ligue, Annecy đã xuống hạng một lần nữa vào năm 2007. Vào năm 2013, câu lạc bộ đã lấy lại được cái tên lịch sử FC Annecy và năm 2015 đã giành được giải Rhône-Alpes Division Honneur, để có quyền tham gia vào CFA 2. Năm 2016, câu lạc bộ một lần nữa được thăng hạng lên Championnat de France Amateur.[2]